| 管理职能处室 |
综合管理部：办公室 |
作为院的综合事务管理部门，承担的职能模块包括文秘、会议管理、制度文件管理、印章管理、公文管理等工作。 |
| 综合管理部：后勤管理中心 |
作为院的综合事务管理部门，承担的职能模块包括后勤管理、固定资产管理、车辆管理、信息管理及网络维护等工作。 |
| 综合管理部：文印服务室 |
作为院的生产辅助科室，承担的职能模块包括负责文件、资料、设计成果的扫描、复印、打印、晒图、装订等工作。 |
| 组织人事部：人力资源室 |
作为院的人力资源管理部门，承担的职能模块包括人力资源管理、会议管理、制度文件管理，品牌管理等工作。 |
| 组织人事部：党群工作室 |
作为院的党务管理部门，承担的职能模块包括党务工作、共青团老干及妇女工作、制度文件管理，新闻宣传、品牌管理等工作。 |
| 市场经营部 |
作为院的市场营销和投资管理部门，承担的职能模块包括全院市场统筹管理、客户管理、投标管理、合同管理、产值下达、备案管理和资质管理等工作。 |
| 技术质量部 |
作为院的技术质量管理部门，承担的职能模块包括三体系管理、技术质量评定及专业协调、科研学术活动管理、档案管理，协助市场经营部资质管理等工作。 |
| 财务管理部 |
作为院的财务管理部门，承担的职能模块包括财务管理、预算管理、会计核算与报表管理、审计监察管理、成本管理、税务管理、资金管理以及应收账款管理等工作。 |
| 辅助生产处室 |
媒体工作室 |
作为院的生产辅助科室，承担的职能模块包括制作设计成果效果图、PPT和汇报片等工作。 |
| 专业技术处室 |
水工院 |
水工处下设水工一所、水工二所、水工三所，作为院的生产部门，承担院水利业务技术质量管理和生产管理等工作。 |
| 水电院 |
水电处下设机电信息化所、结构所（含三维设计），作为院的生产部门，承担院水电、数字化等业务技术质量管理和生产管理等工作。 |
| 规划院 |
规划院下设水文水资源所、水生态环境所、规划所，作为院的生产部门，承担院水文、水环境、规划等业务技术质量管理和生产管理等工作。 |
| 施工预算所 |
作为院的技术质量管理部门，承担概预算管理工作。 |
| 测绘所 |
作为院的技术质量管理部门，承担的职能模块主要包括测绘管理工作。 |
| 地勘所 |
作为院的技术质量管理部门，承担的职能模块主要包括勘察管理工作。 |
| 地勘所：土工实验室 |
作为院的技术质量管理部门，承担的职能模块主要包括实验管理工作。 |